私はFTPソフトにWindows用のNextFtpを使っています。

Next Ftp
Next FTP 4 - ツリー表示対応 使いやすい日本語FTPソフト

高速安定したFTP接続や、さまざまなカスタマイズ機能を搭載していますので、お金を出して購入する価値は大いにあると思います。

私的にこのソフトの1番の魅力はパーミッションの自動変換機能です。Yomi-Searchをよく設置することが多いのですが、その際に、一時オプションでパーミッションの変換ボタンを押しておくと、サーバーにアップした段階でパーミッションが変更されているので、とても重宝しています。

以下、私が行っている Yomi-Search用のパーミッション設定です。

1 : 755 admin.cgi;count.cgi;rank.cgi;regist_ys.cgi;search.cgi;yomi.cgi ファイル
2 : 644 count_ys.cgi;gifcat.pl;index.html;jcode.pl;mail_ys.cgi;meta_ys.cgi;temp.cgi ファイル
3 : 666 *.cgi;*.html;*.log;style.css ファイル
4 : 777 html;lock;log フォルダ